화엄 폭포 터 연구소의 소장, 모모우라 쿠사비가 연구소에 설치한 폭탄이 폭발하자 오니와 모모타로가 공황 상태에 빠진다. 라세츠 학원과 귀국대로 나뉘어서 서둘러 폭탄을 수색하고 인질로 잡힌 오니들을 구조하라!
때는 1학기 종업식 심야. 2대 암살자 조직인 사냥개 상회와 구세 장례식장은 공동 전선을 구축하고 아카바네 호네코의 습격을 결행하지만, 3학년 4반은 다가오는 강적들을 물리치고 잇달아 승리를 거두었다. 하지만 사냥개 상회의 모라루가 슈토 쿠란을 데리고 도주. 이부키 일행은 그녀를 뒤쫓고, 그 과정에서 일찍이 적이었던 마사치카, 그리고 나나후리, 효우카가 가세하면서 전투는 순조롭게 풀린다. 그런데 슈토와 모라루는 서로 아는 사이인 것 같은데….
마츠노 치후유와 바지 케이스케, 두 사람의 만남에서 이별까지의 이야기. 바르바라와의 항쟁에서 1번대 대장 바지 케이스케를 잃은 부대장 마츠노 치후유는 그 죽음을 아직 받아들이지 못하고 있었다. 그러던 때, 그의 손에 생전의 바지가 보낸 편지가 도착한다.
애 딸린 이혼남 오오가미 쥬조는 어린 시절에 조직에 거둬진 과거가 있는 전설의 킬러다. 어떤 사건으로 수수께끼의 생물병기에게 찔려 중학생 모습이 된 쥬조는 중학교로...
자기 속마음을 처음으로 솔직하게 이야기하는 우미와, 그 모든 것을 받아들이는 타로. 서로의 마음을 확인한 바로 다음 날, 남은 수명은 확 줄어서 5일밖에 남지 않는데.
고교 생활 첫 번째 겨울은 노노네 집에서 1박 모임을 갖거나 하며 평온하게 흘러간다. 간타는 16살이 되고, 두 사람은 고등학교 2학년이. 한 학년 올라가면서 새로운 동료도 가세하고, 더욱 시끌벅적해지는 고교 생활. 이사키가 그리는 미래, 간타가 그리는 미래. 계절은, 두 번째 봄으로.
